Valné zhromaždenie ZMS je najvyšším orgánom ZMS. Schádza sa raz ročne a zvoláva ho predseda ZMS.
Valné zhromaždenie volí a odvoláva Predsedu a Predstavenstvo ZMS, predsedu a členov Revíznej komisie ZMS. Valné zhromaždenie schvaľuje a prerokúva ročný plán činnosti a hospodárenia, výročnú správu o činnosti a hospodárení, zmeny Stanov ZMS, alebo výšku členského príspevku.
Každé členské múzeum má pri hlasovaní určitý počet hlasov, v závislosti od počtu zamestnancov múzea:
a) do 10 zamestnancov 1 hlas
b) do 30 zamestnancov 2 hlasy
c) do 60 zamestnancov 4 hlasy
d) do 100 zamestnancov 6 hlasov
e) do 150 zamestnancov 10 hlasov
f) nad 150 zamestnancov 20 hlasov
Valné zhromaždenie je uznášaniaschopné, ak je prítomná nadpolovičná väčšina členov. Rozhodnutia sú platné prijatím nadpolovičnou väčšinou prítomných delegátov.
Pôsobenie Valného zhromaždenia upravujú Stanovy ZMS.
